色譜柱利用色譜柱先將混合物分離，然后利用檢測器依次檢測已分離出來的組分。色譜柱的直徑為數毫米，其中填充有固體吸附劑或液體溶劑，所填充的吸附劑或溶劑稱為固定相。與固定相相對應的還有一個流動相。流動相是一種與樣品和固定相都不發生反應的氣體，一般為氮或氫氣。待分析的樣品在色譜柱頂端注入流動相，流動相帶著樣品進入色譜柱，故流動相又稱為載氣。載氣在分析過程中是連續地以一定流速流過色譜柱的；而樣品則只是一次一次地注入，每注入一次得到一次分析結果。
    在實驗過程中經常遇到的情況： 
   ·新的色譜柱，直接上分析條件來分析樣品，發現分離情況不穩定。
   ·新的色譜柱，使用中發現壓力突然升高。
   ·新的色譜柱，發現分離度、保留時間發生了變化。
   ·色譜柱使用不頻繁，一開始分析樣品效果比較好，但是，在使用過程中發現柱效下降快、峰形異常的情況。
   ·色譜峰形異常，基線不穩。
   當發生以上情況，請仔細檢查，是否有某個操作疏忽了？
   1）測試柱性能
   通常情況下，我們建議用戶在拿到色譜柱后，*件事情就是在一臺性能完好的儀器系統上，按照廠家說明書對色譜柱進行柱效測試。其實，對于一個合格的色譜分析工作者來說，拿到一根新色譜柱，要開始一個課題之前，都會這樣做，目的有二：1、了解色譜柱之前的情況并判斷色譜柱是否正常。2、將檢測結果小心保存， 當實驗過程中發現異常時，在檢測柱效進行對比，來進一步排查原因。
   2）當反相使用高濃度緩沖鹽時，注意過渡
   在使用高濃度的鹽或緩沖液作洗脫劑時，一定要注意應先用10％左右的低濃度的有機相洗脫劑過渡一下，否則緩沖液中的鹽在高濃度的有機相中很容易析出，造成系統堵塞。另外，在發現系統壓力升高異常時，要仔細檢查，段段排除包括保護柱、混合器、管路或者流通池等。
   3）當更換色譜柱時，原來的實驗情況發生變化
   首先，如果之前開發方法時色譜柱已經做過別的樣品，那么之前的樣品或使用的流動相對這個樣品分析可能有干擾，只能重新找條件。建議：開發方法時使用新的色譜柱。（其次，如果是更換了品牌發生這樣的情況，可能是由于不同品牌的鍵合技術不同，造成了選擇性的細微差異 ，需要調整條件，并再次確定出峰順序（有些樣品的洗脫順序會改變）。再次，如果是更換了同品牌型號的新的色譜柱發生這種情況，請檢查之前分離時目標與雜質的分離度是否符合要求（Rs大于1.5），如果一開始只是勉強分開（Rs小于1.5），那只能說明方法沒有優化好，需要再次進行優化。
   4）樣品及前處理
   樣品要盡可能清潔，可選用樣品過濾器或樣品預處理柱（SPE）對樣品進行預處理；若樣品不便處理，要使用保護柱。流動相中所使用的各種有機溶劑要使用色譜純，配流動相的水好是超純水或雙蒸水。如果將所配得流動相再經過0.45μm的濾膜過濾一次則更好，尤其是含鹽的流動相。另外，裝流動相的容器和色譜系統中的在線過濾器等裝置應該定期清洗或更換。
   5）色譜柱基線問題
   通常情況，基線問題是由于系統或者流動相引起的，和色譜柱關系不大。
可能導致的原因：
（1）泵頭進氣泡
（2）系統污染
（3）流通池漏液
（4）流動相使用的某成分易揮發不穩定（檢測波長不合適）
（5）檢測波長低，水的質量不好等等。
6）色譜柱沖洗保養
   當使用了緩沖液或含鹽的流動相，實驗完成后應用10%的甲醇水溶液沖洗30分鐘，洗掉色譜柱中的鹽，再用甲醇沖洗30分鐘。注意：不能用純水沖洗柱子，應該在水中加入至少10%的甲醇，防止將填料沖塌陷。還有就是不能在這個工作上面打折扣，否則，一些保留強的雜質沒有洗脫下來，只能是給后面的工作帶來更大的麻煩。如色譜柱要長時間保存，可以儲存于純甲醇或乙腈中，并將購買新色譜柱時附送的堵頭堵上。儲存的溫度好是室溫。